Die auf § 132 Abs. 2 Nr. 1 VwGO gestützte Beschwerde hat keinen Erfolg. Aus dem Beschwerdevorbringen ergibt sich nicht, dass die Revision wegen der behaupteten grundsätzlichen Bedeutung der Rechtssache zuzulassen ist.
1. Die Frage, ob die Frist des § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG auch im Falle einer gesetzlich fingierten Planfeststellung (hier nach § 2 Abs. 5 des Sechsten Überleitungsgesetzes vom 25. September 1990, BGBl I S. 2106) gilt, nötigt nicht zur Zulassung der Revision, weil sie sich ohne weiteres bejahen lässt. Sinn einer gesetzlichen Fiktion ist es gerade, dass für unterschiedliche Tatbestände dieselben Rechtsfolgen gelten sollen (Larenz, Methodenlehre der Rechtswissenschaft, 6. Aufl., S. 262). Das ist juristisches Allgemeingut, welches keiner Überprüfung und Bestätigung in einem Revisionsverfahren bedarf.
2. Die Frage, ob die Frist des § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG bei einer gesetzlich fingierten Planfeststellung mit Kenntnis der von einem Vorhaben ausgehenden nachteiligen Auswirkungen (hier: Luftwirbelschleppschäden) oder erst mit Kenntnis von der Bedeutung der gesetzlichen Fiktion beginnt, führt ebenfalls nicht zur Zulassung der Grundsatzrevision. Sie beantwortet sich unmittelbar aus dem Gesetz: Maßgeblich ist der Zeitpunkt der Kenntnisnahme des Betroffenen von den nachteiligen Auswirkungen.
3. Auch die Frage, ob die von der Vorinstanz aus § 2 Abs. 5 des Sechsten Überleitungsgesetzes in Verbindung mit § 75 Abs. 2 Satz 1 VwVfG und § 9 Abs. 3 LuftVG abgeleitete Duldungswirkung sowie die aus diesen Vorschriften und § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG abgeleitete Ausschlusswirkung verfassungsgemäß ist, rechtfertigt nicht die Zulassung der Revision. Es bedarf nicht der Durchführung eines Revisionsverfahrens, um die verfassungsrechtlichen Bedenken der Beschwerde zu entkräften.
Es ist selbstverständlich, dass die Duldungspflicht, die auf die gesetzlich angeordnete Fiktion einer bestandskräftigen Planfeststellung zurückzuführen ist, den Betroffenen nicht seines Rechts auf Gewährung effektiven Rechtsschutzes (Art. 19 Abs. 4 GG) berauben darf. Ist - wie hier (vgl. OVG Berlin, Urteil vom 2. Mai 1996 - OVG 2 A 5.92 - OVGE 22, 66 <73>) - eine Anlage ohne reguläres Planfeststellungsverfahren mit den dabei bestehenden Einwendungsmöglichkeiten Drittbetroffener angelegt und betrieben worden, muss jedenfalls der Weg für nachträgliche Schutzansprüche eröffnet sein, um Gefahren für grundrechtlich geschützte Rechtsgüter zu begegnen. Das ist im angefochtenen Urteil zutreffend dargelegt.
Anspruchsgrundlage für das Verlangen nach Schutzmaßnahmen ist, wenn Spezialvorschriften nicht existieren, § 75 Abs. 2 Satz 2 VwVfG. Die Vorschrift setzt voraus, dass die nachteiligen Wirkungen des Vorhabens oder der dem festgestellten Plan entsprechenden Anlagen nicht vorhersehbar waren und erst nach Unanfechtbarkeit des Planes auftreten. Dies ist insoweit unbedenklich, als vorhersehbaren nachteiligen Wirkungen bis zur Bestandskraft noch im Wege der Anfechtung des Planfeststellungsbeschlusses vorgebeugt werden kann. Der Rechtsschutz ist lückenlos. Für fingierte Planfeststellungsbeschlüsse gilt das allerdings nicht. Hier ist denkbar, dass die Belastungen durch das Vorhaben bereits vor dem Eintritt der Fiktion aufgetreten und wahrgenommen worden sind. Nähme man § 75 Abs. 2 Satz 2 VwVfG beim Wort, müsste ein geltend gemachter Anspruch auf Schutzmaßnahmen scheitern. Dies kann indessen durch eine entsprechende Anwendung der Vorschrift vermieden werden (vgl. BVerfG, Beschluss vom 24. Oktober 2000 - 1 BvR 389/00 - NVwZ-RR 2001, 209).
Der Betroffene ist nach § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG freilich gehalten, seine Schutzansprüche innerhalb von drei Jahren nach dem Zeitpunkt, zu dem er von den nachteiligen Wirkungen des dem Plan entsprechenden Vorhabens oder der Anlage Kenntnis erhalten hat, bei der zuständigen Behörde anzumelden. Diese Fristenregelung bietet zu verfassungsrechtlichen Zweifeln keinen Anlass. Es steht außer Frage, dass Fristen, an deren Versäumung das Gesetz die Rechtsfolge knüpft, dass die Gerichte über den geltend gemachten Anspruch sachlich nicht mehr entscheiden dürfen, grundsätzlich mit Art. 19 Abs. 4 GG vereinbar sind. Sie rechtfertigen sich aus Gründen der Rechtssicherheit, die ein wesentliches Element der Rechtsstaatlichkeit und damit eines Konstitutionsprinzips des Grundgesetzes ist (vgl. BVerfG, Beschluss vom 20. April 1982 - 2 BvL 26/81 - BVerfGE 60, 253 <267>). Allerdings dürfen sie die Möglichkeiten eines Rechtsuchenden, einen ihm vom Gesetz zuerkannten Anspruch gegenüber dem Verpflichteten zu verfolgen und durchzusetzen, nicht unangemessen beschränken. Das ist hier ersichtlich nicht der Fall und wird von der Beschwerde auch nicht behauptet. Die Frist von drei Jahren ist nicht zu kurz bemessen. Sie lässt dem Betroffenen genügend Zeit, sich darüber klar zu werden, ob er sich mit den Beeinträchtigungen abfinden will, und - verneinendenfalls - seine Ansprüche gegenüber der zuständigen Behörde in der vorgeschriebenen Form (§ 75 Abs. 3 Satz 1 VwVfG) geltend zu machen. Auch kann der Betroffene den Fristbeginn unschwer bestimmen, weil dieser an einen Umstand anknüpft, der in seiner Person begründet ist. Ob, wie die Vorinstanz meint, die Frist des § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG korrigiert werden muss und darf, wenn die nachteiligen Wirkungen in ihrem Ausmaß eine ernsthafte und schwerwiegende konkrete Gefahr für Leib und Leben heraufbeschwören, braucht hier nicht entschieden zu werden. Nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil, an die der Senat nach § 137 Abs. 2 VwGO gebunden ist, führt der Ausschluss von nachträglichen Schutzansprüchen aufgrund der Verfristung nicht zu einer schweren und unerträglichen Gefahr für Leib und Leben der hier Betroffenen.
4. Die Revision ist ferner nicht wegen der Frage zuzulassen, ob § 75 Abs. 2 Satz 2 VwVfG den Rückgriff auf § 49 VwVfG auch dann ausschließt, wenn der nachträgliche Schutzanspruch an der Versäumung der Frist des § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG scheitert. Auf die Frage lässt sich ohne weiteres außerhalb eines Revisionsverfahrens antworten.
Nach der Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts kommt ein (Teil-)Widerruf eines Planfeststellungsbeschlusses erst in Betracht, wenn nachträgliche Schutzauflagen nicht ausreichen, um Gefahren für grundrechtlich geschützte Rechtsgüter abzuwehren (vgl. zum Atomrecht Urteil vom 21. Mai 1997 - BVerwG 11 C 1.96 - BVerwGE 105, 6 <15>; zum Luftverkehrsrecht Beschluss vom 19. August 1997 - BVerwG 11 B 2.97 - Buchholz 442.40 § 9 LuftVG Nr. 8). Diese Rechtsprechung trägt dem Grundsatz der Verhältnismäßigkeit Rechnung. Sind Widerruf und Auflagen zum Schutz des Betroffenen in gleicher Weise geeignet, ist die Anordnung von Auflagen vorrangig, weil sie den Vorhabenträger oder Anlagenbetreiber weniger belastet. Diese Rechtsprechung wird durch die Entscheidung vom 28. Juni 2000 - BVerwG 11 C 13.99 - (BVerwGE 111, 276 ff.) nicht in Frage gestellt. Die Darlegungen am Schluss der Entscheidung (a.a.O. <284>) besagen nicht, dass Widerruf und nachträgliche Schutzauflagen gleichrangig zur Wahl stehen.
Ein Widerruf ist nur dann zu erwägen, wenn nachträgliche Auflagen den gebotenen Schutz nicht gewährleisten. Dagegen wird die Widerrufsmöglichkeit nicht schon durch die Versäumung der Frist in § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG eröffnet. Es versteht sich von selbst, dass der durch die Planfeststellung Begünstigte nicht deshalb der schärferen Sanktion des Widerrufs ausgesetzt sein darf, weil es der Betroffene in Vernachlässigung seiner eigenen Belange unterlassen hat, den weniger belastenden Einsatz von Schutzauflagen zeitnah zu fordern. Die Überschreitung der Frist kann für den Betroffenen nur dann unschädlich sein, wenn ihm mit der Anordnung von Auflagen ohnehin nicht gedient gewesen wäre. Diesen Fall hat die Vorinstanz nicht angenommen.
5. Schließlich wird die Zulassung der Revision nicht durch die Frage ausgelöst, ob eine Steigerung der Flugbewegungen bis zur Grenze der bestehenden Kapazitäten zu den voraussehbaren Wirkungen eines Vorhabens gehört. Die Frage ist nicht entscheidungserheblich. Das Oberverwaltungsgericht hat sie offen gelassen. Es hat den Beginn der Frist des § 75 Abs. 3 Satz 2 VwVfG nicht auf den Zeitpunkt des In-Kraft-Tretens des Sechsten Überleitungsgesetzes, zu dem sich die Erhöhung der Anzahl der Flugbewegungen bis zur Kapazitätsgrenze abzeichnete, im Jahr 1990 fixiert, sondern darauf abgestellt, dass die Klägerin jedenfalls spätestens im Jahr 1994 Kenntnis von den nachteiligen Wirkungen des Flugbetriebs hatte und verständigerweise mit weiteren Schadensfällen rechnen musste (UA S. 10).
Die Kostenentscheidung beruht auf § 154 Abs. 2, § 162 Abs. 3 VwGO. Die außergerichtlichen Kosten der Beigeladenen sind nicht erstattungsfähig, obwohl ein Antrag auf Zurückweisung der Beschwerde gestellt worden ist. Im Regelfall - ein solcher ist hier gegeben - ist es nicht erforderlich, dass ein Beschwerdegegner oder im vorinstanzlichen Verfahren erfolgreicher Beigeladener alsbald nach Eingang einer Beschwerde und ohne Kenntnis der Beschwerdebegründung einen Rechtsanwalt durch Prozessvollmacht mit der Wahrnehmung seiner Interessen beauftragt (stRspr; z.B. BVerwG, Beschluss vom 17. Januar 1995 - BVerwG 4 B 1.95 - Buchholz 310 § 162 VwGO Nr. 29 und Beschluss vom 4. Februar 2003 - BVerwG 4 B 5.03 -).
Die Streitwertfestsetzung folgt aus § 14 Abs. 1 Satz 1 und Abs. 3, § 13 Abs. 1 Satz 1 GKG.